En el crucero, separado del resto por una hermosa reja de hierro forjado del Maestro Bartolomé, se pueden ver los mausoleos reales. La sepultura a la derecha de los Reyes Catól icos es obra del genovés Fancelli.
Cuando la infanta Isabel en procura de marido, debió optar entre el Duque de Gloucester, el de Guyenne y don Fernando de Aragón, eligió este último partido notoriamente menos ventajoso. Tal vez haya influido en su decisión la descripción de Fray Coca a quién mandó en un reconocimiento in situ de los candidatos. Este, con un olfato que hace honor a su nombre, insinuó que posiblemente el Duque de Guyenne no fuese exageradamente varonil, pero de don Fernando subrayó con entusiasmo sus “piernas bien torneadas’”, un detalle importante en esas épocas de calzas cortas, moda nefasta para los patizambos. Vean, pues, las torneadas piernas de don Fernando y juzguen si valía la pena.
A la izquierda descansan Juana la Loca y Felipe el Hermoso. Esta hija de los reyes católicos tampoco tuvo una vida conyugal demasiado apacible, torturada por celos más que justif icados. Con menos resignación que su madre, persiguió a una de las conquistas de su marido por los corredores del Palacio tijera en mano. La sepultura es obra del español Ordúñez. El retablo del altar interesa por la naturalidad renacentista de sus personales. Los bajorrelieves describen episodios de la loma de Granada y la conversión forzada de los moros.
En el brazo izquierdo del transepto valdría la pena ver (si estuviese mejor iluminado), el triptico de La Pasión del flamenco Bouts,